El Decreto N° 739/2013, a través del artículo 37, establece la obligatoriedad de realizar auditorías externas a los programas y proyectos. El Consejo reglamenta la realización de las mismas a través de la Resolución N° 49/2017.
Los programas o proyectos aprobados por el Consejo de Administración del FEEI y ejecutados por las instituciones responsables, pueden contemplar la realización de uno o varios tipos de evaluaciones externas.